Magister Ilmu Agama Islam  UII sebagai kependekan dari Program Studi Ilmu Agama Islam Program Magister berdiri tahun 1997, sebagai bagian dari Universitas Islam Indonesia yang berdiri sejak 8 Juli 1945, bertepatan 40 hari sebelum Kemerdekaan Republik Indonesia. Pendiri Republik Indonesia juga merupakan pendiri Universitas Islam Indonesia.