Program Studi Magister Ilmu Agama Islam Fakultas Ilmu Agama Islam Universitas Islam Indonesia yang disingkat Prodi MIAI FIAI UII, adalah Program Strata dua (S-2) yang bernaung di bawah Fakultas Ilmu Agama Islam Universitas Islam Indonesia Yogyakarta. Prodi MIAI FIAI UII berdiri pada September 1997 sebagai ikhtiar dalam menghadapi tantangan perkembangan ilmu, teknologi dan informasi, untuk menyiapkan sumber daya manusia yang ahli, dan memiliki integritas keilmuan dan keagamaan. Oleh karena itu sejak awal Prodi MIAI FIAI UII memiliki komitmen pada kesempurnaan risalah Islamiah dalam merealisasikan catur dharma UII yaitu pendidikan, penelitian, pengabdian pada masyarakat dan dakwah Islamiyah.

Kualitas manajemen yang diselenggarakan oleh Prodi MIAI FIAI UII dievaluasi secara internal oleh Badan Penjaminan Mutu Universitas Islam Indonesia. Evaluasi eksternal dilakukan oleh BAN-PT untuk akreditasi. Prodi MIAI FIAI UII telah terakreditasi Unggul (A) (2000), Terakreditasi A (2005), Terakreditasi A (2012) dan Terakreditasi A (tahun 2017). Selain itu, Jurnal Studi Islam “Millah” yang diterbitkan sejak tahun 2000 sekarang telah masuk kategori SINTA 2 dan telah terindeks SCOPUS.